Zabezpečení internetového bankovnictví českých bank proti vykradení účtů je na poměrně dobré úrovni a srovnatelné se zahraničím. Mezi peněžními ústavy jsou ale značné rozdíly. Shodli se na tom odborníci v reakci na únik peněz prostřednictvím služeb internetového bankovnictví z Komerční banky.
Nejméně bezpečné je podle nich zabezpečení pomocí takzvaných kvalifikovaných certifikátů. To je prý varováním pro internetovou komunikaci se státní správou, která funguje na stejném základě. Pokud je možné zneužít elektronický podpis v internetovém bankovnictví, tak podle odborníků lze stejným způsobem zneužít zaručený elektronický podpis určený pro komunikaci se státní správou. Mezi technická řešení, která jsou od svého počátku méně náchylná na zneužití, patří například jednorázové heslo zasílané na mobil či autentizační kalkulátor.
